Основный фонд - основной раздел гербария, в котором физически хранятся представленные в коллекции образцы.

Всего 4 раздела коллекции (это разные места хранения):

1. Основной фонд (в нем группы образцов: заносные виды, Красная книга Магаданской области и др.)

2. Зарубежный гербарий (включает группу образцов Финский гербарий)

3. Типовые образцы

4. Flora exsiccata